Tổ chức được sáng lập vào năm 1941 bởi Wendell Willkie, Eleanor Roosevelt, George Field, Dorothy Thompson, Rex Stout, Herbert Bayard Swope và những người khác tại New York City như là phản ứng với chủ nghĩa toàn trị của Đức Quốc xã. Đối lập với chính sách cô lập về đối ngoại mà phổ biến vào thời đó, Freedom House ủng hộ sự can thiêp của Hoa Kỳ trong thế chiến thứ Hai để tiếp sức cho Anh Quốc. Trong thập niên 1940, Freedom House ủng hộ Kế hoạch Marshall và việc thành lập NATO. Mặc dù có tinh thần chủ nghĩa chống cộng cao, nhưng Freedom House là một đối thủ của chủ nghĩa McCarthy. Trong thập niên 1950, và 1960 họ ủng hộ Phong trào Dân quyền ở Hoa Kỳ. Khi quyền tự do dân sự bị chà đạp bởi các chế độ Cộng sản, độc tài và độc tài quân sự ở Á Châu, Phi Châu và châu Mỹ Latin, Freedom House làm ra những tiêu chuẩn để đánh giá nhân quyền và tự do của công dân. Trong thập niên 1980 họ giúp đỡ phong trào Công đoàn Đoàn kết ở Ba Lan và phe đối lập dân chủ ở Philippines. Những lúc gần đây Freedom House ủng hộ các công dân, mà tham dự vào việc lật đổ chính quyền ở Serbia, Ukraina và Kyrgyzstan.